La normativa prevede, nel caso di opere sottoposte a valutazione d'impatto ambientale, che il provvedimento conclusivo riportante le condizioni per la realizzazione, esercizio e dismissione dei progetti contenga anche ogni opportuna indicazione per la progettazione e lo svolgimento delle attività di controllo e monitoraggio degli impatti. Il monitoraggio assicura "il controllo sugli impatti ambientali significativi sull'ambiente provocati dalle opere approvate, nonché la corrispondenza alle prescrizioni espresse sulla compatibilità ambientale dell'opera, anche al fine di individuare tempestivamente gli impatti negativi imprevisti e di consentire all'autorità competente di essere in grado di adottare le opportune misure correttive" (art. 28, comma 1 del D.Lgs. 152/2006).

In modo analogo anche i processi di Autotorizzazione Integrata Ambientale, prevedono la definizione di un piano di monitoraggio finalizzato a verificare le matrici ambientali impattate dai processi produttivi.

In GISCO è possibile gestire tutti gli aspetti legati al monitoraggio ambientale; archiviazione della documentazione progettuale, censimento dei punti di misura con personalizzazione delle loro proprietà e caratteristiche, pianificazione delle operazioni di misura, archiviazione dei report periodici e loro processo di approvazione. I dati delle misure condotte sono archiviati assieme ai certificati analitici così da permettere la ricostruzione di grafici dinamici grazie ai quali poter comprendere eventuali trend.
L'interfaccia GIS è permette di visualizzare su mappa i punti di misura interrogandone i dati ed informazioni.

Quanto archiviato GISCO può essere condiviso con tutte funzioni autorizzate e, nel caso, anche con gli Enti di controllo definendone i relativi diritti di accesso.